Córka aktorów Jerzego Schejbala i Grażyny Krukówny. Pracę w filmie rozpoczęła od roli Jagody w „Głośniej od bomb” Przemysława Wojcieszka. W trakcie studiów w szkole teatralnej we Wrocławiu, gościnnie pojawiła się w serialu „Kasia i Tomek” i zagrała epizod w „Fali zbrodni”. Popularność przyniosła jej rola podkomisarz Basi Storosz w serialu „Kryminalni”. Zrezygnowała wówczas z dalszych studiów. Ostatecznie w 2005 została absolwentką wrocławskiej filii PWST. W teatrze zadebiutowała w 2003. Wystąpiła w adaptacji powieści Doroty Masłowskiej „Wojna polsko-ruska pod flagą biało-czerwoną”, którą wystawił Teatr Wybrzeże. W 2006 wystąpiła w stołecznym Teatrze na Woli w sztuce „Król Lear”, w którym zagrała Kordelię, córkę Leara, granego przez Daniela Olbrychskiego. W 2008 została aktorką Teatru Ateneum im. Stefana Jaracza. W 2010 stacja Polsat rozpoczęła emisję serialu „Szpilki na Giewoncie”, w którym Magdalena Schejbal zagrała główną bohaterkę Ewę Drawską. W 2016 dołączyła do stałej obsady serialu „Na dobre i na złe”. W Capitolu zobaczymy ją w roli Kasi w spektaklu „Następnego dnia rano”.